Genel Müdürlük görevleri kapsamında sanayi atık suyu deşarjı, sanayi atıkları, çiftlik atıkları, evsel atık su, tehlikeli madde kirliliğinin kontrolü, pestisitlerden ileri gelen su kirliliği, içme suyu arıtma tesisleri, taşkın, iklim değişikliği, havza planlaması konularında çeşitli projeler ile havza koruma eylem planları ve eğitimler gibi faaliyetler yürütmektedir (Su Yönetimi Genel Müdürlüğü, http://suyonetimi.ormansu.gov.tr/) Bu çerçevede Genel Müdürlük üstlendiği görevler ve yürüttüğü faaliyetler ile özellikle sel ve taşkın, iklim değişikliği,konularında risk azaltma aşamasına katkı sağlamaktadır.