Asıl teşkilâtlı öğretim müesseseleri Alp Arslan’ın izniyle vezir Nizamülmülk tarafından başta Bağdat olmak üzere Büyük Selçuklu devletinin hâkimiyetindeki şehirlerde yaptırılan Nizamiye Medreseleridir. Daha sonra bu medreseler İsfahan, Rey, Nişabur, Merv, Belh, Herat, Basra, Musul gibi şehirlerde de kurulmuştur. Hatta bütün İslâm dünyasında bir Nizamiye Medreseleri geleneği yaygınlaşmıştır.