Besinler temel olarak 3 farklı şekilde (fiziksel, kimyasal ve biyolojik tehlikeler) insanlar için zararlı hâle gelebilir.

1. Fiziksel Tehlikeler: Toprak, su, hava, cam kırığı, plastik madde, kemik, taş, metal, tahta, saç, tırnak, sinek ve böcek gibi haşereler.
2. Kimyasal Tehlikeler: Dış ortamlardan gıdalara bulaşan ya da gıda katkısı olarak gıdalara sonradan eklenen besin olmayan kimyasal maddeler (Metaller, pestisitler, deterjanlar, plastikler, boya maddeleri ve gıda katkı maddeleri).
3. Biyolojik Tehlikeler: Üç ana grupta incelenebilir:
• Gıdada doğal olarak bulunan zehirli kimyasal maddeler: Yeşillenmiş ve filizlenmiş bazı gıdalarda solanin, zehirli bal, zehirli mantarlar, bazı bitki ve meyvelerde doğal olarak bulunan siyanik asit.
• Gıdalara sonradan bulaşan ya da uygun koşullarda üretilmeyen veya saklanmayan gıdalarda oluşan maddeler: Küf, bakteri, virüs, parazitler ve mikrobiyal toksinler.
• Genetiği değiştirilmiş canlılar (GDO)