Sistem yaklaşımı öncelikle örgütleri çevreleriyle ilişkili birer alt sistem olarak değerlendirmesiyle farklılaşmaktadır. Daha önceki dönemlerde bilindiği gibi örgütsel konular çevresel etkilerden izole edilerek araştırma konusu yapılmıştır. Sistem yaklaşımının getirdiği ikinci yenilik ise sistem ve alt sistemler arasındaki ilişkilerin de örgütsel analize konu edilmesidir. Bilindiği gibi bir gemi filosunun hızını, o filoda yer alan en yavaş gemi belirlemektedir. Yöneticiler sistem ile alt sistemler arasındaki karşılıklı ilişkileri etkili bir şekilde yöneterek örgütün performans düzeyini yukarı çekebilirler. Sistem yaklaşımıyla örgütsel analiz bağlamında yaşanan bir diğer yenilik de tüm analizin bütüncül bir bakış açısıyla yürütülmesidir. Bu bütüncül bakış açısı hem sistemin içindeki faktörleri (değişkenleri) hem de sistemin çevresinde yer alan faktörleri (parametreleri) analize konu etmekte ve karar süreçlerinde önemle üzerlerinde durulmasını sağlamaktadır. Ayrıca sistem yaklaşımı sayesinde klasik ve neo klasik yönetim teorilerini daha eleştirel bir gözle değerlendirme fırsatı doğmuş ve bu gelişmeler bir sonraki ana başlıkta değineceğimiz durumsallık yaklaşımına olan ilginin artmasını sağlamıştır.