Sözleşme, hakları düzenlemekle kalmamış, bu hakların sınırlarını da belirlemiştir. Buna göre; düzenlenen haklar, ulusal güvenlik, ülkenin ekonomik çıkarları, kamu sağlığı, genel ahlak, kamu üzeninin korunması gibi nedenlerle, yasal dayanağın bulunması ve demokratik bir toplumda zorunlu önlemler niteliğinde olması koşullarına uyularak  kısıtlanabilmektedir. Ayrıca 17. m ile “özgürlüğü yok etme özgürlüğü”nü kısıtlamıştır. Sözleşme 15. m ile savaş vb olağanüstü durumlarda ilgili devlete sözleşme ile üstlendiği yükümlülüklerden bazılarını askıya alma tanınmıştır. Ancak, yaşama hakkı, işkence ve kölelik yasağı, suç ve cezaların yasallığı ilkeleri hiçbir koşulda sınırlanamamaktadır.