İlçe sağlık müdürlükleri ise Bakanlığın ilçe düzeyindeki hizmetlerinin etkili ve verimli bir şekilde yürütülmesini sağlamak amacıyla il müdürlüğüne bağlı olarak kurulmaktadır. Yine ilçe sağlık müdürlüklerinde de iş ve işlemleri yürütmek üzere Türkiye İstatistik Kurumu verileri esas alınarak nüfusu; 200.000 ila 350.000 arasında olan ilçelere 2 yi, 350.000 ila 500.000 arasında olan ilçelere 3 ü, 500.000 ila 750.000 arasında olan ilçelere 4 ü, 750.000’in üzerinde olan ilçelere 5 i geçmemek üzere birim kurulabilmektedir.