1999’da yürürlüğe giren Amsterdam Antlaşması ile; insan hakları, demokrasi, temel özgürlükler ve hukukun üstünlüğü ilkelerine verilen önem vurgulanmıştır. Ayrıca temel hakların korunması hususunda İHAS devre dışı bırakılarak topluluğa özgü bir koruma mekanizması oluşturulmuştur. Amsterdam Antlaşması’nın 46. maddesine eklenen bir hükümle Avrupa Topluluğu Adalet Divanı (ATAD)’nın birlik kurumlarının yaptıkları eylem ve düzenlemelerde temel haklara uygunluğunu denetlemekle yetkili kılınmıştır. Diğer taraftan, Amsterdam Anlaşması’nın 6. maddesinde ifade edilen özgürlük, demokrasi, hukuk devleti, insan hakları ve temel özgürlüklere saygı gibi, birliğin temelinde yer alan ortak ilkelerin üye devletlerce “ağır ve sürekli ihlali” halinde başvurulacak bir yaptırım mekanizması getirilmiştir. Buna göre; Anlaşmanın 7. maddesinin 1. paragrafına göre, devlet veya hükümet başkanları düzeyinde toplanan Konsey, üye devletlerin üçte birinin ya da komisyonun önerisi ve Avrupa Parlamentosu’nun onayı ile, şikâyet edilen üye devletin konuya ilişkin raporunu aldıktan sonra, oybirliğiyle şikâyet konusu olan üye devletin temel ilkelere aykırı davrandığını saptayabilir.