MÖ 546 yılında Lydia egemenliğe son veren Pers kralı Kyros Anadolu’yu Pers egemenliği altına alır. Başlangıçta Persliler Anadolu’da bir direnişle karşılaşmazlar. Batı Anadolu kentleri Lydia’lılardan sonra Pers yönetimi ile iyi geçinirler. Pers krallığı Anadolu’yu eyalet anlamında satraplıklara böler. Her satraplığın bir merkezi ve Pers Kralı tarafından atanmış bir satrapı bulunur. Batı Anadolu’daki kentler Atina ve diğer Yunan kentlerinin etkisi ile ayaklanıp Pers yönetimine baş kaldırasıya kadar bir sorun yaşamamıştır. MÖ 6. yüzyılın sonunda baş gösteren bu ayaklanma (İonia Ayaklanması) Pers yönetimini çok kızdırmıştır. Kanlı bir şekilde bastırılan bu ayaklanmada birçok kent yere bir edilmiş, hatta Miletos halkı kentten Susa’ya sürülmüştür. İonia Ayaklanması ile Arkaik dönem biter ve Klasik Dönem başlar.