MÖ 6. yüzyılın sonunda baş gösteren İonia Ayaklanması, başlangıçta Anadolu’da bir direnişle karşılaşmayan Pers yönetimini çok kızdırmıştır. Kanlı bir şekilde bastırılan bu ayaklanmada birçok kent yerle bir edilmiş, hatta Miletos halkı kentten Susa’ya sürülmüştür. Ionia Ayaklanması ile Arkaik dönem biter ve Klasik Dönem başlar.