1999 Helsinki Zirvesi’nde Türkiye’nin adaylık statüsünün kabulü ile ilişkilerde başlayan yeni dönem Türkiye’de idari düzenleme yapılmasına neden olmuştur.27 Haziran 2000 tarihli 4587 numaralı“Avrupa Birliği Genel Sekreterliği Teşkilatve Görevleri Hakkındaki Kanun” ile Başbakanlığa bağlı Avrupa Birliği Genel Sekreterliği (ABGS) kurulmuştur. Avrupa Birliği Genel Sekreterliği; Türkiye’nin Avrupa Birliği’ne üyelik sürecinde Dışişleri Bakanlığınca yürütülen dış ilişkilerin koordinasyonu ve katılım müzakereleri dahil tüm dış temas ve müzakere görevlerini yürütmüştür.