Katma protokol, ortaklığın geçiş döneminin uygulanmasına ilişkin koşulları, usulleri, sıra ve süreleri belirlemekte; sanayi ürünlerinde gümrük birliği, tarım için tavizli rejim, işgücünün serbest dolaşımı, yabancı sermaye, yerleşme serbestisi, rekabet ve devlet yardımları, ihracatın desteklemesi, mali yardımlar gibi temel konularda hüküm içermektedir.