Organik tarımda toprak verimliliğinin korunması ve geliştirilmesine yönelik
önerilen bazı uygulamalar aşağıda verilmiştir.
• Baklagilleri de içeren çok yıllık ekim nöbeti uygulaması,
• Toprak işleme sayısının azaltılması, toprağın alt ve üst tabakalarının devrilmeden  ırtılarak işlenmesi,
• Toprağın sıkışmasına izin verilmeden bitki kök gelişmesine uygun ortam hazırlığı yapılmasına özen gösterilmesi,
• Toprak analiz sonuçlarına ve ilgili yasal düzenlemelere bağlı olarak birim alana uygun miktarda çiftlik gübresi ve/veya kompost uygulanması,
• Baklagil bitkilerini içeren yeşil gübreleme uygulaması ile toprağın azot ve organik madde içeriğinin yükseltilmesi ve toprağın fiziksel yapısını iyileştirilmesi, 
• Üretimdeki bitki artıklarının veya doğal floranın eğer hastalık veya zararlı riski yoksa parçalanarak doğrudan toprağa karıştırılması,
• Meyve ağaçları gibi türlerde ara ziraatı, örtü bitkisi yetiştiriciliği ve malç uygulamaları, doğal floranın toprağa gömülmesi veya kesilerek malç olarak
bırakılması