Suyun pH değeri, akuaponik sistemlerde özellikle bitki ve bakteriler üzerinde büyük etkiye sahiptir. pH bitkilerin mikro ve makro besin maddeleri kullanımını kontrol eder. Bitkiler 6-6,6 pH aralığında kökleri vasıtasıyla besinleri alabilirken pH değeri bu aralığın dışına çıktığında besinleri alamaz.