Sağlıklı bir nitrifikasyon bakteri kolonisi akuaponik sistemde temel bir fonksiyon görevi görür. Nitrifikasyon bakterileri çok yavaş ürer, bu, günler haftalar sürebilir. Yeni bir akuaponik sistem kurulurken bu durum dikkate alınmalıdır. Bakteriler için geniş, karanlık bir ortam, iyi bir su kalitesi ile yeterli gıda ve oksijen gereklidir.