Akuaponik sistemde su, balık tanklarından filtre edilerek bitkilerin yetiştirileceği kısma alınır ve bitkiler tarafından kullanıldıktan sonra tekrar balık tanklarına geri verilir. Ekolojik ve son derece verimli bir sistemdir. Sistemin esası yem kalıntıları ve balık dışkılarından oluşan organik atıkların bakteriler tarafından bitkilerin kullanabileceği bir forma dönüştürülmesine dayanır.