Hidroponik ve topraklı tarıma göre başlangıç yatırım maliyetinin yüksek olması,• Her üretici balık, bakteri ve bitki üretimi hakkında yeterli bilgiye sahip olmalıdır.• Balık ve bitki gereksinimleri her zaman kusursuz bir şekilde karşılanamayabilir.• Kültür balıklarının ve bitkilerinin optimum sıcaklık aralıklarını karşılamadığı yerlerde önerilmez.• Tek başına su ürünleri yetiştiriciliği veya hidrofonik sistemler ile karşılaştırıldığında daha az müdahale edebilme • Hatalar veya kazalar sistemin çökmesine neden olabilir. • Günlük yönetim ve bakım zorunludur. • Enerjiye ihtiyaç duyulur.• Elektrik, balık yavruları ve bitki tohumlarına güvenilir erişim gerektirir.• Su kalitesinin optimize edilmesi, besleyicilerin dengesi, hastalık ve ilaçlar.• Elektrik kesilmesi veya su iletim hatlarının tıkanması• İlk kurulum maliyetinin yüksek olmasıdır.