Biyofiltrasyon bakteriler tarafından amonyak ve nitritin nitrata dönüştürülmesidir. Atıkların çoğu, mekanik filtre kullanılarak filtrelenemez çünkü atık doğrudan suda çözünür ve bu parçacıkların boyutu mekanik olarak alınamayacak kadar küçüktür. Bu nedenle akuaponik sistemde mikroskobik atıkların filtrasyonunda mikroskobik bakteriler kullanır.