Akuaponik sistem kurulmadan önce sistemin kurulacağı yerin seçimi önemlidir. Genel olarak bir sera olmadan açık havada yerleşik olarak kurulur. Ancak büyük ölçekli aquaponik sistemler seralarda kurulur. Sistem bileşenleri kurulurken özellikle su ve tas yapının ağır olduğunu ve hareket ettirilemeyeceğini unutmamak önemlidir.