Çevresel ve biyolojik faktörler akuaponik sisteme etki edeceği için pek çok tasarım unsuruna dikkat edilmesi gerekmektedir. Akuaponik sistem kurulurken temel bileşenlerden olan su tankı, su ve hava pompaları, biyolojik filtre, bitki yetiştirme yatakları ve sıhhi tesisat ile ilgili malzemelerin bilinmesi önemlidir.