Amonyak suya girdiğinde, ortamdaki mevcut hidrojen iyonları amonyakla reaksiyona girerek toksik olmayan amonyum iyonlarına dönüşür. Sularda amonyak genelde organik atıklarla ilgili olarak bulunur. Atık suların ve hayvan gübresinin suya karışması özellikle amonyak oluşumuna sebep olmaktadır. Amonyak iyonize form (NH4+) ve iyo- nize olmamış form (NH3) olmak üzere iki şekilde bulunur. Sularda bu iki form arası denge pH (asi- dite ve alkalinite) ve sıcaklığa bağlıdır. pH’ın 7,0 den 7,3 e çıkması iyonize olmamış amonyak oranı- nı iki kat artırır. Benzer şekilde sıcaklığın 10°C’den 20°C’ye çıkması aynı etkiyi gösterir, yani iyonize olmamış amonyak oranı iki kat artar. Bu olay çok önemlidir. Çünkü iyonize olmamış form balıklar için toksiktir.