Balkanlar’daki göller, kısmen tektonik ve kısmen kalker yereyin özel aşınımına
bağlı oluşmuşlardır. Kuzeydeki İşkodra Gölü (368 km2) Balkanlar’ın en büyük
gölüdür. Ohri Gölü 362 km2 güney-doğudadır ve Balkanlar’ın en derin gölüdür.
Prespa Gölü ise Makedonya, Yunanistan ve Arnavutluk sınırları arasındadır.
Bunların dışında kuzey ve kuzeydoğusunda küçük alp gölleri mevcuttur