Balkan yarımadasının iklimi, güneyden kuzeye ve deniz kıyısından iç kesimlere doğru değişim göstermektedir. Güneyde Akdeniz iklimi hüküm sürer. Kuzeye ve iç kesimlere doğru gidildikçe, iklim karasallaşır ve sertleşir. Kuzeye doğru gidildikçe arazi hem engebeleşir hem de iklim sertleşir. Batı bölgeler arazi yapısının çeşitliliğinden dolayı farklı iklim bölgelerine sahiptir. Birincisi; güney kesimlerde yer alan kışları ılık ve yağışlı, yazları sıcak ve kurak Akdeniz iklimidir. İkincisi; kuzey ve iç kısımlarda görülen nemli iklimdir. Üçüncüsü ise kuzeydoğu kesimlerinde görülen, yazları yağışlı ve ılık, kışları sert ve kurak geçen Alp iklimidir. Kuzeyde, dağlık, yüksek yaylalık ve kıyı bölgelerinde farklı şekillerde iklim özellikleri görülür. Adriyatik kıyıları genellikle yazları sıcak ve kışları ılık geçen Akdeniz ikliminin etkisi altındadır. Kıyı bölgeler ve güney Yugoslavya bu yüzden bol yağış almaktadır. Yaz ayları oldukça sıcak geçerken, kış ayları soğuktur. Makedonya toprakları genelde engebeli araziden meydana geldiğinden kara iklimi hâkimdir. Yazları sıcak ve kurak, kışları da soğuk geçer. Doğuda genel olarak ılıman bir kara iklimi hâkimdir. Yaz aylarında yeterli olmayan yağış, toprak kullanımında çok geniş bir sulama sisteminin gelişimini zorunlu kılmıştır.