Yeni dönemde Balkan coğrafyasının karşı karşıya kaldığı başlıca güvenlik sorunlarını şu şekilde sınıflandırabiliriz: Yeniden Etnik Milliyetçilik, Homojenleşme Süreci, Uluslararası Protektoratlar, Örgütlü Suçlar, Göçmenler ve Yerinden Edilmiş Kişiler, Bölgesel İş Birliği Girişimlerinin Zayıf Kalması, AB Perspektifinin Belirsiz Olması, Sınırların Belirsizliği, Ekonomik Sorunlar ve Çevre Sorunları, Geçmişle Yüzleşmek ve Mağduriyet Psikolojisi.