Mevduat sigortasının krizi önlemek için önemli bir araç olmasının yanında bazı sakıncaları da mevcuttur. Bunlar:

• Bankalar arasında haksız rekabete sebep olur ve sektörün etkin işleyişini bozar.
• Sistemde ahlaki riski ve ters seçimi artırıcı etki yapar. Zira mevduat sigortasının yüksek olması, krize sebebiyet veren mikroekonomik sebeplerden biridir. Çünkü mevduat sigortasının tam ya da yüksek olması hâlinde, bankalar bu sigortaya güvenerek daha riskli ve rasyonel olmayan şekilde hareket edebilirler. Örneğin bankalar yüksek faiz vaad ederek mevduat toplama yoluna başvurabilirler. Mûdîler ise bu durumda mevduatlarının garanti altında olduğunu bildiklerinden, bankaların risk durumunu göz ardı edeceklerdir.
• Piyasa güçlerinin sorunları gizlemesinde araç olarak kullanılır ve başarısız kurumlara müdahale etmesine engel teşkil eder. Örneğin likidite sorunu yaşayan bankalara hücum olmaz. Düzenleyici kurumlar ise üzerlerindeki baskıyı hafifletmek için ödeme gücünü kaybetmiş olan kurumların faaliyetlerine devam etmelerine izin verir. Bu durum, kurumların zararlarını ve topluma olan maliyeti artırır, bunun yanısıra ahlaki risk de yaratır.
• Büyük bankaların devlet tarafından kurtarılmasına sebebiyet verebilir. Zira batmak için çok büyük olan bankalar, iflas etmeleri hâlinde, sigorta kapsamındaki mevduatların devlet tarafından karşılanmasının maliyeti çok yüksek olacağından, bir çok firmanın batmasına ve işsizliğe sebep olacağından izin verilmez.