İmar Affı Kanunu da İmar Kanunu gibi bazı istisnalara tabidir. Bu istisnalara göre, İstanbul ve Çanakkale Boğazları ile 2863 sayılı Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Kanunu uyarınca belirlenmiş ve belirlenecek yerler ile Askeri Yasak Bölgeler ve Güvenlik Bölgeleri ve Türk Silahlı Kuvvetlerine ait harekât, eğitim ve savunma amaçlı yapılarda imar affı uygulanmamaktadır. Bu nedenle doğru yanıt B seçeneğidir.