Birçok besin maddesi allerjenleri içermekle birlikte alerjik maddelerin, besinlere bulaşma yoluyla geçmesi de olasıdır. Alerjen maddelerin besinlere bulasma yoluyla geçmesi;
• Hammadde kontaminasyonu,
• Kazayla oluşan yanlış formülasyonlar,
• Üretim programında değişiklik,
• Yetersiz temizleme ve sanitasyon,
• Üretim sırasındaki çapraz kontaminasyonlar,
• Ekipman tasarımı,
• Üretim ve temizlik uygulamaları,
• Etiketleme,
• Üretim sonrası kontroller olarak belirtilebilir.