Mikroorganizmalar etrafındaki canlılarda çeşitli hastalık (lar) oluşturabilirler, ancak bu tanımlama ile tüm mikroorganizmalara “zararlı ve tehlikeli” olarak bakılmamalı, olumsuz olarak değerlendirilmemelidir. Birçok mikroorganizma yaşam için gereklidir. Örneğin; insan mikro orası ve sindirim sisteminde B ve K vitaminlerinin dönüştürülmesi için mikroorganizmalar gereklidir.