Sınıflandırmaya göre ana mikroorganizma grupları olarak bakteriler Arkea ve Bakteria domainlerini oluşturmakta, protozoa, algler ve funguslar ise ökarya domaininde yer almaktadır. Canlı birer organizma olarak kabul edilemediğinden bu domainlerde yer alamayan virüsler, prionlar ve viroidler de mikroorganizma olarak kabul edilirler.