Uygurlar sağlık bilgisi konusunda da ileri düzeydeydiler; özellikle kızamık ve çiçek gibi bulaşıcı hastalıkların önenmesinde aşı geliştirmeleri dikkat çekicidir. Aşı uygulaması konusunda insan çiçeğinden yara kabukları alınarak kurutulmuş, daha sonra kurumuş kabuklar suda bekletilerek daha zayıf hale gelmiş olan çiçek mikropları, hastalığa yakalanmamış insanlara aşılanarak, hastalanmaları önlenmiştir.