Depo sertifikaları yatırımcılara birçok fayda sağlarken bazı dezavantajları da beraberinde getirmektedir. Bunlar:
• Politik Risk: Menkul kıymetinin kendi ülkesinde politik istikrar, devletleştirme uygulamaları veya ülkede yaşanan ekonomik buhranlar depo sertifikası sahipleri için politik risk oluşturmaktadır.

• Kur Riski: Depo sertifikaları ulusal para birimi üzerinden düzenlenmesine karşın,  bir depo sertifikası hem ev sahibi ülkedeki pay senedi değerini, hem de yabancı para birimi olarak ifade ettiği değeri yansıtır. Bu yüzden kur oranlarında yaşanan değişmeler depo sertifikalarını etkilemektedir. Bu da kur riskini ortaya çıkartmaktadır.
• Enflasyon Riski: Yüksek enflasyon oranları satın alma gücünün azalmasına bu  durumda ulusal para biriminin değerinin azalmasına sebep olmaktadır. Bu yüzden, enflasyon oranlarındaki ciddi artışlar, depo sertifikasının fiyatlarını olumsuz etkilemektedir.
• Derinliği Olmayan Piyasalar: Depo sertifikalarının bazılarının işlem hacmi oldukça sınırlıdır. Bu yüzden alım/satım işlemlerinde sıkıntılar yaşanabilmektedir.