Tuğrul Bey, Eylül 1063 Cuma günü 70 yaşında iken vefat etti. Hastalığı ağırlaşınca, Çağrı Bey ölümünden sonra evlendiği onun dul hanımından olan yeğeni ve üvey oğlu Süleyman’ı veliaht tayin
etti. Geçici olarak saraya defnedilen Tuğrul Bey, Alp Arslan tarafından Rey’de Künbed-i Tuğrul’a nakledildi.