Gagavuzların kökeni, çok tartışılan bir konudur; onlarn Oğuzlardan geldiklerini savunanlar olduğu gibi, kökenlerini Tuna Bulgarlarına bağlayanlar da vardır. Yine araştırmacıların bir kısmına göre Gagavuzlar; Oğuz, Peçenek, Kıpçak ve Anadolu Selçuklu Türklerinin karışımından meydana gelmişlerdir.