Türkiye Türkçesi göz önüne alınarak değerlendirildiğinde Uygur Türkçesindeki ünsüzlerde şu farklılıklar görülür:
1. Türkiye Türkçesinde b ile başlayan bazı kelimelerin başındaki ses, Uygur Türkçesinde m’dir: men (ben), miñ (bin), meyrem (bayram), meñiz (beniz), monçaq
(boncuk), muz (buz), meñgü (bengü, ebedi).
2. Türkiye Türkçesinde kelime başındaki bazı b’ler Uygur Türkçesinde p’dir: paqa
(bağa, kurbağa), putaq (budak), piçaq (bıçak), pük- (bük-), pütün (bütün), palta
(balta). Bugün Türkiye Türkçesinde v’ye dönen Eski Türkçede kelime başı bazı b’ler
ise korunmuştur: bar, bar-, ber-.
3. Türkiye Türkçesinde iç sesteki b ünsüzü, Uygur Türkçesinde v’dir: çivik (çubuk),
çiviş (çebiş), sevir (sabır), elvette (elbette), etivar (itibar).
Eski Türkçede kelime içi ve kelime sonunda bulunan bazı b’ler Uygur Türkçesinde
y olmuştur: eb>öy (ev), seb->söy- (sev-), sebin>süyün-(sevin-).
4. Uygur Türkçesine Arapça ve Farsçadan girmiş kelimelerdeki f ünsüzü p’ye dönüşmüştür: pelsepe (felsefe), epsus (efsus), terep (taraf), peqet (fakat), pil (fil), perq
(fark).
5. Türkiye Türkçesinde d ile başlayan Türkçe asıllı kelimeler, Uygur Türkçesinde t ile
başlar: tağ (dağ), til (dil), toqquz (dokuz), tur- (dur-).
6. Türkiye Türkçesinde Türkçe asıllı kelimelerde bulunan c sesi, Uygur Türkçesinde
ç’dir: sekkizinçi (sekizinci), aççiq (acı), keçe (gece), keçik- (gecik-).
7. Türkiye Türkçesinde g ile başlayan Türkçe asıllı kelimeler, Uygur Türkçesinde k ile
başlar: kel- (gel-), kör- (gör-), köz (göz), kérek (gerek).
8. Kelime başındaki t’den sonra “iş, üş” sesleri gelirse t, ç’ye döner: tiş - çiş (diş), tüş -çüş (düş, öğle), tişi - çişi (dişi), tüş - çüş- (düş-), tüşen-çüşen- (düşün-, anla-).
9. İlk hecenin başındaki s’ler, hece sonunda ç bulunduğu zaman çoğunlukla ç’ye döner: çaç (saç), çaçmaq (saçmak), çaşqan (sıçan).
10. Kelime başında veya kelime ortasındaki bazı q ünsüzleri x’ya döner: xoşna (komşu), toxmaq (tokmak), toxta- (dur-), mexset (maksat).
11. Uygur Türkçesinde y ile başlayan kelimelerin j ile başlayan şekilleri de vardır. Bu
iki şekil, özellikle ilk hecesi dar ünlülü kelimelerde görülür: jil-yil (yıl), jurt-yurt
(yurt), jigit-yigit, jigirme-yigirme (yirmi), jürek-yürek, jitim-yitim (yetim)