Yerküredeki noktanın yerini belirlemek ve gösterimini gerçeğe daha yaklaştırmak için projeksiyon sistemleri kullanılır. Bazen bir tablo farklı bir projeksiyon sisteminde görüntülenmek istenebilir. Projeksiyon sistemi kullanımı sayesinde CBS tabanlı yazılımlarda datanın dünyadaki konum bilgisine de rahatlıkla ulaşılabilir ve noktanın gerçek mekânsal bilgisine bağlı olarak birçok işlem yapılabilir. MapInfo Professional’da bir tablonun mevcut projeksiyon sistemini farklı bir projeksiyon sistemi ile değiştirip dönüşüm yapılabilmektedir. Bununla birlikte harita penceresinin projeksiyon sistemini değiştirerek de açık olan katmanlar istenen projeksiyon sisteminde geçici olarak görüntülenebilir. MapInfo Professional lokal (NonEarth) ve global (earth) projeksiyon sistemlerindeki haritaları desteklemektedir. Projeksiyon Seç penceresinde de bu projeksiyon sistemleri bulunmaktadır. MapInfo Professional’da istenirse özel projeksiyon sistemleri de oluşturulabilir. Bu işlem için disk içerisindeki C:\Program Files (x86)\MapInfo\Professional dosya yolunda bulunan MAPINFOW.PRJ adlı dosya içerisinde belirlenen özel parametreler girilmelidir.