CBS konumsal verileri farklı temalarda gruplama özelliğine sahiptir. Katman yapısının temel ilkesi, farklı gruplardaki yeryüzü elemanlarını haritadaki gösterim karmaşasından kurtarmaktır. Katman yapısı CBS’nin en önemli özelliklerinden biridir. Projelendirme aşamasında, önce amaç belirlenmeli ve uygun katmanlar saptanmalıdır. Temaların yanı sıra konumsal veri tipleri (nokta, çizgi, poligon) katman tanımlamasında belirleyici bir parametredir. Nokta tipindeki veri elemanı ile poligon tipindeki veri elemanı aynı katman tanımı içinde bulunmamalıdır.