CBS konumsal verileri farklı temalarda gruplama özelliğine sahiptir. Bu gruplar ortak koordinat sitemi içerisinde veri tipi, modeli ve veri elemanının özelliklerine göre katmanlara ayrılmalıdır. Katman yapısının temel ilkesi, farklı gruplardaki yeryüzü elemanlarını haritadaki gösterim karmaflasından kurtarmaktır. Katman yapısı CBS’nin en önemli özelliklerinden biridir. Projelendirme aşamasında, önce amaç belirlenmeli ve uygun katmanlar saptanmalıdır. Amaca uygun saptanan katmanlar, aynı zamanda veritabanı modelini de kaba hatları ile şekillendirmektedir. Farklı temalardaki yeryüzü elemanları, veritabanı modelini oluşturan tabloların tanımlarını belirlemektedir. Temaların yanı sıra konumsal veri tipleri (nokta, çizgi, poligon) katman tanımlamasında belirleyici bir parametredir. Nokta tipindeki veri elemanı ile poligon tipindeki veri elemanı aynı katman tanımı içinde bulunmamalıdır. Diğer taraftan örneğin poligon tipinde alan olarak tanımlanacak parsellerin hepsi tek katmanda ifade edilmeli, parseller için iki ayrı katman tanımı yapılmamalıdır. Başka bir örnek verecek olursak, çizgisel eleman olarak tanımlanan cadde-sokak verileri ve yeraltı su şebekesi boruları farklı öznitelik veri alanlarına ve farklı temalara sahip olduklarından aynı katman içinde tanımlanmamalıdır.