Birçok kamu yöneticisinin performans bütçe kavramından hoşlanmaması ve bu nedenle tekniğin çalışmasının zor olduğu iddia edilmektedir.

Bütçe ödeneklerini onaylayan yasama organı, ilgi alanının harcama kalemlerinden kurum faaliyetlerine kaydırılmasından memnun olmayabilir.

Performans bütçeleme, faaliyetlere ve bunların maliyetlerine dayandığı için da ha düşük maliyetle daha iyi hizmet üretimine olanak sağlamaktadır.

Performans bütçe, faaliyetlerin başarılıp başarılmadığına göre kamu yöneticilerinin değerlendirilmesine olanak sağladığı için, bürokratlar tarafından sevilen bir sistem değildir.

Performans bütçe hazırlanmasının, kolayca tahmin edilebileceği gibi,
klasik bütçeye göre daha pahalı bir sistemdir.