Performans bütçe sistemine çeşitli eleştiriler de yapılmaktadır. Bunlar;

• Birçok kamu yöneticisinin performans bütçe kavramından hoşlanmaması ve bu nedenle tekniğin çalışmasının zor olduğu iddia edilmektedir.
• Bütçe ödeneklerini onaylayan yasama organı, ilgi alanının harcama kalemlerinden kurum faaliyetlerine kaydırılmasından memnun olmayabilir.
• Performans bütçe, faaliyetlerin başarılıp başarılmadığına göre kamu yöneticilerinin değerlendirilmesine olanak sağladığı için, bürokratlar tarafından sevilen bir sistem olmaması da üçüncü eleştiri konusu olmaktadır.
• Performans bütçe hazırlanmasının, kolayca tahmin edilebileceği gibi,
  klasik bütçeye göre daha pahalı bir sistem olmasıdır.
• Bazı performans ölçülerinin uygun olmaması veya yanıltıcı olması gösterilmektedir.
• Performans ölçüleri kamu yöneticileri tarafından etkilenebilir olmasından kaynaklanmaktadır.
• Bazı kamu hizmetlerinden performans bütçeyi tam anlamıyla uygulayabilmek çok zor hatta olanaksızdır.