Merkezi İsviçre’nin Cenevre şehrinde bulunan ve 2012 itibarı ile 153 üyesi olan WTO'nun en üst karar organı Bakanlar Konferansıdır. Bakanlar Konferansı en az iki yılda bir kere toplanmaktadır. Cenevre dışında bir yapılanması olmayan WTO Sekretaryası, yaklaşık 640 personelden oluşmakta ve bir genel müdür ve dört genel müdür yardımcısı tarafından yönetilmektedir. WTO’nun yapısı içinde Anlaşmazlıkların Çözüm Organı ve Ticaret Politikası İnceleme Organı gibi temel organlar dışında Genel Konsey bünyesinde faaliyette bulunan alt organlar da vardır: Komiteler, Mal Ticareti Konseyi, Ticari – Fikri Mülkiyet Hakları Konseyi, Hizmet Ticareti Konseyi ve Diğer Komiteler.