Organik madde, kil bünyeli topraklarda toprağın gevşek bir yapı kazanmasını sağlar. Kum bünyeli topraklarda organik madde, toprak tanelerini birbirine bağlayarak toprağın su tutma kapasitesini artırır ve böylece toprak yapısının iyileşmesini sağlar. Toprak yüzeyindeki organik madde katmanı yağmur damlalarının toprağa çarpma hızını azaltır ve bu çarpma etkisi ile meydana gelecek toprak kopma etkisini engeller. Toprağın organik madde içeriği, yağmur veya sulama suyunun aşağı tabakalara sızmasını iyileştirir. Böylece suyun yüzeysel akışa geçmesi ve toprağın bir yerden başka bir yere taşınması engellenmiş olur. Toprağın üst kısmında bulunan organik madde toprak suyunun buharlaşarak kaybını önler.