İnsan sağlığı açısından faydalı olan termal turizm faaliyetlerinin gerçekleştirilmesi sırasında ekolojik yönden önemli olan tüm planların uygulanması ise çevre sağlığı açısından temel ilkeyi teşkil etmektedir. Diğer tüm turizm türlerinde olduğu gibi termal turizmin çevresel etkilerinin minimuma indirilmesi gerekmektedir. Bunlardan en önemlisi, yüksek sıcaklığa sahip tesis sularının direk alıcı ortama bırakılmamasıdır. Arıtma tesisi bulunmayan termal tesis ve kaplıcalardan yüzey sularına yapılan deşarjlar, alıcı ortamdaki canlı yaşamını olumsuz etkilemekte hatta bazı sucul organizmaların tamamen yok olmasına neden olmaktadır.