Toprak kirliliğine neden olan maddelerin başlıcalarından olan gübreler ve pestisitler (zirai mücadele ilaçları) uzun süre toprakta kalarak zamanla toprağın verimsiz hale gelmesine neden olmaktadır. Yapay gübre ve pestisitler içerisinde bulunan kimyasallar zamanla toprak canlılarını ve onları tüketen diğer canlıları besin zinciri yoluyla olumsuz etkilemektedir.