Kojenerasyon tesislerinde genellikle yakıt olarak doğalgaz kullanılır. Bu yakıt türünün ekonomik oluşu, depolanma gereksiniminin olmaması, yanma özelliğinin iyi olması ve çevre dostu olması kullanım alanını genişletmektedir. Doğalgazı izleyen diğer yakıtlar; propan, dizel, 4 no’lu sıvı yakıt, 6 no’lu sıvı yakıt ve nafta olarak sıralanabilir.