İşletmeler, e-ticaret sitesine yapılan tehditlere karşı önlemler almak için güvenlik araçlarından yararlanmaktadır. Güvenlik araçları, siteye dışarıdan zarar vermeye veya yok etmeye yönelik yazılımlardır. Site güvenliğini sağlayabilmek için kullanılabilecek en önemli araçlardan bazıları şifreleme, ağ güvenlik protokolleri, sanal özel bilgisayar ağları, tünelleme araçları, güvenlik duvarları, proxy sistemleri, güvenlik araçları, erişim kontrolleri, kimlik denetleme ve saldırı tespit sistemleri olarak işaret edilebilir.