Bulundukları ortamda oluşturdukları çeşitli metabolitlerle diğer organizmaların gelişimini olumsuz yönde etkileyen
organizmalara antagonistik mikroorganizma adı verilmektedir. Patojen konukçu dokuya ulaştığında yine başarılı bir inokulasyon bitki yüzeyinin yapısına, spor çimlenmesi için uygun sıcaklık, nem durumuna, konukçu bitkide önleyici veya teşvik edici salgıların olup olmadığına ve antagonistik mikroorganizmaların durumuna bağlıdır.