Bitkilerde molibdenin işlevlerinden biri nitratın amonyuma indirgemesidir ayrıca toprakta azot fikse eden bakteriler molibdene ihtiyaç duyarlar. Eksikliğinde baklagillerde nodozite oluşmaz. Molibden bitkilerde askorbik asidin (vitamin C) sentezinde de rol oynar. Molibden yeteri kadar alınmadığında yaprak damarları arasında klorofil az oluşur.