Virüsler bitki hücrelerinde bir takım değişimlere neden olmaktadır. Bu değişimler şu şekillerdedir: • Hücre çekirdeği üzerine olan etkileri: Virüslerin bazıları çekirdekte inclusion body (ilgi cisimcikleri) olarak isimlendirilen yapılar oluştururlar. Bunlar hem çekirdek hem de çekirdekçiğin şeklini ve büyüklüğünü etkilemektedir.

• Mitokondrium üzerine olan etkileri: Bazı virüs enfeksiyonları sonucunda enfekteli değişik dokularda mitokondriumlarda küçük şişkinlikler meydana gelebilmekte ve mitokondrium membranlarında da anormallikler görülebilmektedir. • Kloroplastlar üzerine olan etkileri: Bitki patojeni virüslerin bazıları enfekte olmuş dokularda virüs replikasyonuyla ilişkili olarak kloroplastlarda ve ona yakın yerlerde şişkinlikler ile diğer bazı değişimler meydana getirebilir. Bu değişimler kloroplastların yuvarlaklaşması ve kümeleşmesi şeklindedir. Mozaik şeklindeki lekelerin koyu yeşil alanlarında kloroplastlar normal iken açık yeşil desenli olan alanlarında kloroplastlarda anormal değişimler gözlenir. • Hücre duvarı üzerine olan etkileri: Virüs enfeksiyonu sonucu meydana gelen lekelerin kenarına yakın hücre duvarlarında kallus birikimi yüzünden anormal kalınlaşma, plasmodesmatayı çevreleyen hücre duvarlarında çıkıntılar ve hücre ölümü gibi bazı değişimler görülür. • Sitoplazma üzerine etkileri: Bazı virüsler hücre sitoplazmalarında inclusion body’ler oluştururlar.