Enfeksiyon Kaynaklarının Ortadan Kaldırılması Canlı Virüs Konukçuları Tek yıllık veya çok yıllık bazı yabancı otlar bazı virüslerin kışlamasında (kışı geçirmesinde) görev alırlar ve virüslerin hayvansal vektörlerine de konukçuluk yaparlar. Bunların yanı sıra bazı çok yıllık otsu ve odunsu süs bitkileri de virüslere konukçuluk yapmaktadırlar. Hatta, bunlar bazı virüs enfeksiyonlarında belirti vermezler (latent enfeksiyon), fakat çevrelerindeki hassas bitkilere bunları yayarlar. Virüsle enfekteli kendi gelen bitkiler de virüs kaynağı olarak iş görebilmektedir. Bu nedenle önemli virüs enfeksiyonlarında potansiyel virüs konukçuları olan bu bitkilerin yakın çevreden yok edilmeleri gereklidir. Bitki Kalıntıları Topraktaki hastalıklı bitki kalıntıları özellikle mekanik olarak taşınan virüs ve viroidlere konukçuluk yaptıkları için tarla, bahçe ve seralardan bunlar uzaklaştırılmalıdır.

Eradikasyon Bir bölgeye yeni girmiş ve ekonomik olarak önemli bazı virüs ve viroid hastalıklarının yayılmasını önlemek için o sahadaki virüsün konukçusu olan tüm bitkilerin yok edilmeleri (eradikasyon) gerekebilir. Örneğin ABD Pensilvanya’da PPV’den dolayı 105 bin sert çekirdekli meyve ağacı yok edilmiştir. Hijyen Özellikle mekanik olarak taşınan virüs ve viroidlerden sakınmak için tarımsal alet ve ekipmanlar dezenfekte edildikten sonra kullanılmalıdır. Aksi taktirde budama makası, kesim bıçaklarıyla hastalıklı bir bitkiden sağlıklı bir bitkiye virüsler geçebilir. Ayrıca eller ve giyim malzemelerinde de hijyene uyulmalıdır. Karantina Belirli virüs ve viroid hastalıklarının bulunmadığı bir ülkeye (dış karantina) veya aynı ülke içerisindeki bir bölgeye (iç karantina) virüslü bitki materyallerinin girişine yasalarca engel olunması prensibine dayanır. Sağlıklı Tohum Bazı virüsler ve viroidler tohumlarla yayıldığından dolayı yetiştiricilikte mutlaka virüs hastalıklarından ari (virüs taşımayan), sertifikalı tohum kullanılmalıdır.