Virüsler bitkilerde makroskobik (dışarıdan görülebilen, dış) ve mikroskobik belirtilere (hücrelerdeki belirtiler, iç) sebep olurlar. Bazı virüsler, bazı bitkilerde dışarıdan görülebilir belirtiler oluşturmazlar bu belirtilere latent (gizli) simptomlar adı verilir. Diğer taraftan, belirli çevre koşulları altında (düşük veya yüksek sıcaklık) enfekteli bitkiler bu şartlar hüküm sürdüğü süre boyunca belirti göstermeyebilirler. Bitkide belirtilerin bu şekilde geçici bir süre görülememesine maskelenme adı verilmektedir. Bazen de bitkiler inokulasyondan hemen sonra aniden şiddetli belirtiler gösterebilirler. Bu durum genç sürgünlerin veya tüm bitkinin ölümüyle (şok evresi) sonuçlanabilir. Eğer konukçu başlangıçtaki bu şok evresinden sonra yaşarsa bunu belirtilerin şiddetinin düştüğü (hafiflediği) kronik evre izler. Bazı virüs hastalıklarında belirtilerin şiddeti gittikçe artar ve bu durum bitkinin yavaş veya hızlı ölümüyle sonuçlanır.