Filogenetik sınıflandırmaya göre funguslar Chytridiomycetes, Zygomycetes, Glomeromycetes, Ascomycetes ve Basidiomycetes olmak üzere beş farklı sınıfa ayrılmaktadırlar.

Chytridiomycetes: zoospor denilen agellalı ve hareketli sporlara sahip olması ile diğer funguslardan ayrılırlar. Kaynak sularında ve nemli topraklarda yaygın olarak bulunur. Serbest yaşayan ve organik materyallerin yıkımını sağlayan türler yanında hayvan, bitki ve protistler için patojenik olan grupları da içermektedir.